هايپركم، ابزاري براي مدل‌سازي مولكولي
نام كتاب: هايپركم، ابزاري براي مدل‌سازي مولكولي
ناشر: انتشارات انديشه‌سرا (با ﻣﺴﺅوليت بهزاد پاكروح)
تألیف: امين يوسفي‌راد، روجا وظيفه‌شناس و دکتر آذر باقري قمي
ویراسته‌ی: مهندس هاجر محوی و فاطمه رمضانی
فهرست مطالب
بخش 1 اجراي برنامه و معرفي ابزار موجود در محيط هايپركم
1.1 اجرای برنامه
2.1 معرفی امكانات موجود در محیط هایپرکم
3.1 کلید‌های میان‌بر جهت دسترسی آسان‌تر به امکانات و ابزار موجود در نرم‌افزار هايپركم
4.1 معرفی شکل و كاربرد هر يك از ابزارهای موجود در هايپر كم
5.1 رسم یک مولکول
بخش2 محتويات منو و عمل‌كرد هر يك از گزينه‌هاي آن
1.2 كاربرد گزينه‌هاي موجود در منوي File
1.2.1 Menu / File / New
1.2.2 Menu / File / Open
1.2.3 Menu / File / Merge
1.2.4 Menu / File / Save
1.2.5 Menu / File / Save As
1.2.6 Menu / File / Start Log
1.2.7 Menu / File / Stop Log
1.2.8 Menu / File / Log Comments
1.2.9 Menu / File / Import
1.2.10 Menu / File / Export
1.2.11 Menu / File / Print
1.2.12 Menu / File / Preferences
1.2.13 Menu / File / Exit
2.2 كاربرد گزينه‌هاي موجود در منوي Edit
2.2.1 Menu / Edit / Clear
2.2.2 Menu / Edit / Cut
2.2.3 Menu / Edit / Copy.
2.2.4 Menu / Edit / Copy Isis Sketch
2.2.5 Menu / Edit / Paste
2.2.6 Menu / Edit / Copy Image
2.2.7 Menu / Edit / Invert
2.2.8 Menu / Edit / Reflect
2.2.9 Menu / Edit / Rotate
2.2.10 Menu / Edit / Translate
2.2.11 Menu / Edit / Zoom
2.2.12 Menu / Edit / Z Clip
2.2.13 Menu / Edit / Align Viewer
2.2.14 Menu / Edit / Align Molecules
2.2.15 Menu / Edit / Set Bond Length
2.2.16 Menu / Edit / Set Bond Angle
2.2.17 Menu / Edit / Set Bond Torsion
3.2 كاربرد گزينه‌هاي موجود در منوي Build:
3.2.1 Menu / Build / Explicit Hydrogens
3.2.2 Menu / Build / Default Element
3.2.3 Menu / Build / Add Hydrogens
3.2.4 Menu / Build / Model Build
3.2.5 Menu / Build / Allow Ions
3.2.6 Menu / Build / United Atoms
3.2.7 Menu / Build / All Atoms
3.2.8 Menu / Build / Calculate Types
3.2.9 Menu / Build / Compile Type Rules
3.2.10 Menu / Build / Set Atom Type
3.2.11 Menu / Build / Set Mass
3.2.12 Menu / Build / Set Charge
3.2.13 Menu / Build / Constrain Geometry
3.2.14 Menu / Build / Constrain Bond Length
3.2.15 Menu / Build / Constrain Bond Angle
3.2.16Menu / Build / Constrain Torsion
4.2 كاربرد گزينه‌هاي موجود در منويSelect
4.2.1 Menu / Select / Atoms
4.2.2 Menu / Select / Residues
4.2.3 Menu / Select / Molecules
4.2.4 Menu / Select / Multiple Selections
4.2.5 Menu / Select / Select Sphere
4.2.6 Menu / Select / Select All
4.2.7Menu / Select / Complement Selection
4.2.8 Menu / Select / Select
4.2.9 Menu / Select / Name Selection
4.2.10 Menu / Select / Extend Ring
4.2.11 Menu / Select / Extend Side Chain
4.2.12 Menu / Select / Extend To Sp3
4.2.13 Menu / Select / Back Bone
5.2 كاربرد گزينه‌هاي موجود در منويDisplay
5.2.1 Menu / Display / Select To Fit
5.2.2 Menu / Display / Overlay
5.2.3 Menu / Display / Show All
5.2.4 Menu / Display / Hide Selection
5.2.5 Menu / Display / Show Selection Only
5.2.6 Menu / Display / Rendering
5.2.7 Menu / Display / Last Rendering
5.2.8 Menu / Display / Show Isosurface
5.2.9 Menu / Display Isosurface
5.2.10 Menu / Display Show Hydrogen /.
5.2.11 Menu / Display Periodic Box
5.2.12 Menu / Display Show Multiple Bond
5.2.13 Menu / Display Show Hydrogen Bond
5.2.14 Menu / Display / Recomputed H Bonds
5.2.15 Menu / Display / Show Inertial Axes
5.2.16 Menu / Display / Show Dipole Moment
5.2.17 Menu / Display / Labels
5.2.18 Menu / Display / Color
5.2.19 Menu / Display / Element Color
6.2 كاربرد گزينه‌هاي موجود در منوي Data Bases
6.2.1 Menu / Data Bases / Amino Acids
6.2.2 Menu / Data Bases / Make Zwitterions
6.2.3 Menu / Data Bases / Remove Iconic Ends
6.2.4 Menu / Data Bases / Nucleic Acids
6.2.5 Menu / Data Bases / Add Counter Ions
6.2.6 Menu / Data Bases / Mutate
7.2 كاربرد گزينه‌هاي موجود در منوي Setup
7.2.1 Menu / Setup / Molecular Mechanics
7.2.2 Menu / Setup / Semi Empirical
7.2.3 Menu / Setup / Ab Initio
7.2.4 Menu / Setup / Network
7.2.5 Menu / Setup / Periodic Box
7.2.6 Menu / Setup / Restraints
7.2.7 Menu / Setup / Set Velocity
7.2.8 Menu / Setup / Select Parameter Set
7.2.9 Menu / Setup / Compile Parameter File
7.2.10 Menu / Setup / Reaction Map
8.2 كاربرد گزينه‌هاي موجود در منوي Compute(منوي محاسبات)
8.2.1 Menu / Compute / Single Point
8.2.2 Menu / Compute / Geometry Optimization
8.2.3 Menu / Compute / Molecular Dynamics
8.2.4 Menu / Compute / Langevin Dynamics
8.2.5 Menu / Compute / Monte Carlo
8.2.6 Menu / Compute / Vibrations
8.2.7 Menu / Compute / Transition State
8.2.8 Menu / Compute / plot molecular properties
8.2.9 Menu / Compute / Orbitals
8.2.10 Menu / Compute / Vibrational Spectrum
8.2.11 Menu / Compute / Electronic Spectrum
8.2.12 Menu / Open script
8.2.13 Menu / Cancel