نام كتاب:  آموزش کاربردی نرم افزارهای Guassian, Chemoffice, GaussView, Hyperchem, AIM

شامل:

روش ساده برای طراحی مولکول‌های پیچیده

محاسبات opt،freq ،TS ،BSSE ، NBO و...

محاسبات توصیفگرهای QSAR و QSPR

تئوری پیوندها و تشخیص نوع پیوند با توجه به

محاسبات(تحلیل داده) و...

 

ناشر: انتشارات انديشه‌سرا (با ﻣﺴﺅوليت بهزاد پاكروح)

تألیف: صادق با وفا

 

فهرست مطالب

فصل اول: نرم افزار کم آفیس (Chemoffice )

1-1 معرفی نرم افزار کم آفیس (Chemoffice)

1-1-1 معرفی کلیدهای کاربردی (Chemoffice)

2- 1رسم ساختار ساده مولکول در(Chem3D Ultra )

3-1 محاسبات MOPAC با Chemoffice

4-1 طراحی ساختار پیچیده توسط نرم افزار ChemDraw

5-1 رسم NMR        

6-1 محاسبات chem3D (ویژه محاسبات QSAR و QSPR )

7-1 قرار دادن دو مولکول در کنار هم

8-1 ساختن فایل ورودی گوسین

9-1 اجرا (RUN ) گوسین

 

فصل دوم : آموزش Gaussview و محاسبات گوسین Gaussian

1-2 Gaussview

2-2 تبدیل فایل خروجی گوسین به فایل ورودی گوسین  

3-2 انواع فایل های ورودی

4-2 دستورات گوسین

1-3-2 opt یا fopt

2-3-2 Freq

3-3-2 روشهای تشخیص صحیح بودن جوابهای دستور Freq

4-3-2 خروجی محاسبات فرکانسی

4-2 توصیفگر های موجود در دستور freq

1-4-2 انرژی های

2-4-2 آنتلپی و انرژی های واکنش

3-4-2  جرم مولکولی (Molecuar Mass )

4-4-2  قطبش پذیری(Polaribility )

5-4-2 بدست آوردن حالت گذار (TS )

6-4-2 روشهای تشخیص صحیح بودن حالت گذار (TS )

5-2 دستور prop=potential

6-2 محاسبه سرعت واکنش

7-2 دستور NBO

1-7-2 توصیفگر ها

2-7-2 دیاگرام لوئیس

3-7-2 E(2) 

8-2  voalume  (حجم مولکولی)

9-2 دستور NMR

10-2 مشاهده ا ندازه و زوایای مولکول

11-2 روش های مجموعه پایه کامل (Complete Basis Set Methods(CBS)

1-11-2 انرژی پتانسیل یونیزاسیون (Ionization Potentials )

2-11-2 انرژی کشش الکترون (Electron affinity )

3-11-2 انرژی کشش پروتون (Poroton affinity )

4-11-2 انرژی اتمیزاسیون (Atomization )

12-2   scan

1-12-2 Scan (فاصله)

2-12-2 Scan یک زاویه دو وجهی (Dihedral angle )

13-2 رسم اوربیتال های HOMO و LUMO

فصل سوم : نرم افزار AIM :

1-3 فایل ورودی AIM

2-3 روش محاسبه نقاط بحرانی

1-2-3  ذخیره کردن نتایج محاسبات

2-2-3 توصیفگر ها

3-2-3 محاسبه اتم ها

3-3 کانتور

 

فصل چهارم خطاهای گوسین

1-4 خطای تعداد سیکل

2-4 خطای مربوط به رفتن برق

3-4 خطای مسیر :

  4-4 خطای انطباق مجموعه پایه BSSE

فصل پنجم : آموزش کاربردی هایپرکم HyperChem

1-5 معرفی هایپر کم

2-5 طریقه رسم مولکول

3-5 ساخت فایل ورودی گوسین(gjf )

فصل ششم : گریزی کوتاه به تئوری

1-6 پیوند کوالانسی

2-6 پیوند داتیو

3-6 پیوند هیدروژنی (نوع خاصی از پیوندهای دو قطبی-دوقطبی)

1-3-6 فواصل و زوایا 

2-3-6 طبقه بندی پیوند های هیدروژنی

3-3-6 تفاوت پیوند هیدروژن- هیدروژن و پیوند دو هیدروژن

4-6 پیوند یونی (الکترووالانسی)

5-6 نظریه اتم ها در مولکول ها (AIM )

1-5-6 فرضیه اتم 

2-5-6 تعریف هندسه فضایی اتم

3-5-6 تعریف اتم در نظریه ی اتم در مولکول

4-5-6 تعریف پیوند

5-5-6 تشخیص نوع پیوند با توجه به توصیفگر های AIM

6-6 تحلیل اوربیتال پیوندی طبیعی (NBO)

7-6 خطای انطباق مجموعه پایه (BSSE)  

منابع  

پیشرفت های نرم افزاری، برنامه های طراحی و محاسباتی کوانتومی در حقیقت نمایانگر تلاش گروهی از دانشمندان، محققان و برنامه نویسان می باشد که در اختیار علاقمندان به این علم قرار گرفته است، که دانشجویان با یادگیری و استفاده این دسته از نرم افزارها و ترکیب آنها با   توانمندی ها و تخصصهای فردی خود، پیشرفت و از مزایای این نرم افزارها بهره می ببرند.

در این کتاب به آموزش معتبرترین نرم افزار های طراحی و محاسباتی کوانتومی از قبیل گوسین(Gaussian 98W and Gaussian 03W  GaussView، chem office، AIM، Hyperchem پرداخته ایم. علاوه بر آموزش به تئوری پیوند ها بخصوص پیوند هیدروزنی ، AIM،  NBOو در حد امکان به توصیفگرهای مورد نیاز در زمینه QSAR وQSPR نیز  پرداخته شده است.

 

+ نوشته شده در شنبه بیست و ششم فروردین 1391ساعت 0:38 توسط معرفی کتاب |